工程量清单计量一般是根据每月完成的合同内实物工作量经监理工程师签认合格准予计量的工程细目，它有阶段性、按实计量的特点。根据这个特点，应在过程中来进行控制，而不是依靠事后发现超计量以后再扣回。工程预算计量人员（工地监理组、指挥部或总监办的工程部、计划部）均应认真学习合同文件和招标文件中的计量条款，心中应明确哪些项目可以计量，哪些项目不能计量，属于包含在其他工程项目中的内容（例如：涵洞计量是以延米综合单价计量的，因此其挖基、回填、清淤、基础垫层、出入口铺砌等均不能单独计量。
承包工程合同签定不规范，工程结算计价难以确定。工程预算在审计过程中发现，建设、施工双方承包工程合同签订不规范。在签订合同时不按投标文件的内容逐一填写，尤其是建筑规模和中标价，存在少填或者不填的现象，给工程计价取费留下活口，目的是为了竣工后高报工程结算价格打下伏笔，使得原本十分严肃的合同失去约束作用，建设单位失去了对施工单位工程报价的有效监督，容易造成决算价格偏高。同时，给工程结算造价审核带来难度和风险。
工程预算工程材料费约占工程总价的60%左右材料价格的高低直接影响工程总造价。随着建筑市场材料价格的开放建筑材料的价格变化很大各种新产品工艺的不断出现使材料的定额预算价与市场价相差较大因此材料价格的审计对工程决算审计非常重要。在审计材料价格时先要确定审计材料的材料种类再审查材料的用量 审查材料价格材料价格应以当地定额站有关部门发布的主要材料市场信息价为依据或经建设单位签字认可的如无以上两种依据必须直接审查施工单位实际采购的材料发票以此来确定材料价格对于跨年度施工周期长的工程项目还应注意其材料价格应按施工当期价格套用避免产生跨期高套现象。对装饰工程中所采用的一些新型材料。
工程预算材料费的计算要把好三关：“划分界限关”――严格按规定划分设备与材料。“价格关”――尤其是大宗材料和对造价影响较大的材料，要根据当地造价部门发布的材料指导价或通过市场调查、网上询价等途径，获取材料的真实价格。“计算关”――审查材料费及运杂费计算的合理性和合规性。分包工程计价的审计。对分包工程预算进行合理准确的计价是真实反映分包工程预算的基础，将工程量计算、定额子目套用及费率计取作为分包工程计价审计的审计重点。